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La región conocida como Arrecife de Puerto Morelos forma parte de la segunda barrera arrecifal más grande del mundo; así mismo, esta sección de la barrera, ubicada frente a Puerto Morelos, se extiende al norte hasta la colindancia con el Parque Nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc.
El arrecife sustenta ricas comunidades biológicas que se encuentran bien conservadas y tienen valor ecológico, económico, recreativo, comercial, histórico, educativo, estético y para investigación, lo que le confiere al área una importancia singular en el contexto nacional. Adicionalmente la economía del poblado de esta localidad y su área de influencia depende de su conservación, ya que un alto porcentaje de la población se dedica a la pesca, al turismo y a la investigación sobre el ambiente marino, las cuales están estrechamente influenciadas por la salud del ecosistema. Puerto Morelos se ha caracterizado, desde la década de los setenta, por la presencia de instituciones, organizaciones y personas dedicadas a actividades de investigación y conservación de la naturaleza, así como de promoción del uso sustentable de los recursos naturales.
El 2 de febrero de 1998 se declara por decreto Área Natural Protegida, con el carácter de Parque Nacional, la región denominada Arrecife de Puerto Morelos, en el Estado de Quintana Roo.
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