La historia del Municipio de Puerto Morelos se divide en varios periodos; la prehispánica habitado por los Itzaés, antiguos mayas (siglo IX hasta el XIV después de Cristo) aun se encuentran vestigios de asentamientos pertenecientes al Cacicazgo de Ekab, cuya influencia política abarcó desde Cabo Catoche hasta Tulum.
Estas estructuras localizadas en la selva y la costa, son: las “Albarradas mayas” al sur del poblado, en un Petén del manglar; “El Altar” situado en el jardín botánico “Alfredo Barrera Marín”; “Coxol” un kilómetro al norte del poblado; y la “Pirámide de Muchil” cerca de Punta Brava al sur de la población, a 4 km al noroeste de Puerto Morelos.
Las condiciones políticas y administrativas se fueron debilitando debido a las pugnas entre cacicazgos. Fue entonces cuando los españoles descubrieron y más tarde conquistaron la región, aunque no les fue fácil debido a las condiciones naturales y a la resistencia por parte de los mayas.
En el periodo Colonial, Francisco de Montejo (hijo) y León “el Mozo” comenzaron la tercera campaña para conquistar la región, logrando someter a todos los cacicazgos existentes en la península, hacia 1540, siendo Ekab uno de los primeros en jurar obediencia al conquistador.
El periodo Moderno comienza en 1889 cuando la Secretaría de Fomento Agrícola del gobierno federal le concesiona al empresario mexicano Faustino Martínez 241,083 hectáreas para el desarrollo agrícola y colonización. En 1898 la empresa “Compañía Colonizadora de la Costa Oriental de Yucatán” inicia sus operaciones de explotación y extracción de productos agrícolas y forestales, tales como palo de tinte, chicle cedro, tabaco, vainilla, entre otros.
A finales de 1909 se construye la Hacienda Santa María, en lo que hoy se conoce como Leona Vicario, donde se encontraban las oficinas que se dedicaban a traer gente de Veracruz, para enseñar a los chicleros yucatecos la técnica de extracción de látex o savia del Árbol de chicozapote Los productos extraídos de la selva fueron exportados principalmente a Estados Unidos; la explotación del chicle trajo riqueza, y para poder exportar dichos productos se tuvo que abrir un brecha; para ello se instalaron unos rieles y sobre “truckes”, que transportaban los productos de la Hacienda Santa María hacia el principal puerto de exportación del siglo XIX, bautizándolo como Punta Corcho, hoy Puerto Morelos.
En 1929 era un pueblo con casas de madera, un faro, un muelle, una sola calle paralela a la costa y un almacén. En el periodo Contemporáneo (a partir de 1950) se extraen maderas duras como el chechén para venderse al gobierno federal y destinarse a la construcción y mantenimiento de vías férreas.
En septiembre de 1967 el poderoso huracán Behula inclinó el único faro del puerto, que ya había resistido dos huracanes en 1955.
La producción chiclera vio una disminución drástica a principios de los años 80 debido a la introducción de sustitutos sintéticos en el mercado mundial, y a factores naturales como incendios forestales y huracanes.
Posteriormente, en 1988 el huracán Gilberto entró al Caribe, y a pesar de los destrozos no pudo tirar el faro inclinado por Behula.
Puerto Morelos se convirtió, hasta el año 2002, en el mayor centro de abastecimiento y acopio de la Isla de Cozumel, siendo hasta la fecha el principal y más antiguo puerto del Estado de Quintana Roo.
Este apacible poblado continuó como puerto de pescadores hasta que se construyó el primer hotel frente al mar, empezando de esta manera su más importante vocación que es el turismo.
En la actualidad existen todo tipo de restaurantes, tiendas de artesanías, promoción y desarrollo de actividades turísticas, fomento a la cultura tradicional mexicana, producción y cuidados de áreas naturales. Desde el puerto se puede acceder a la segunda barrera arrecifal más grande del mundo. Cuenta con zonas arqueológicas mayas, la Ruta de los Cenotes, varias granjas agricultoras y un sinfín de actividades recreativas culturales.
El 6 de enero del 2016, tomó posesión el Consejo municipal, se materializándose el anhelo de los portomorelenses de convertirse en municipio libre, el décimo primer municipio de Q.Roo, que actualmente preside la alcaldesa Laura Fernández Piña.
