Los manglares son ecosistemas de transición, ya que están ubicados entre la selva y la zona costera marítima, jugando un papel fundamental en la filtración del agua que escurre desde la selva al mar, así como en la manutención y permanencia del sistema arrecifal.
Son formaciones vegetales leñosas, densas, arbóreas o arbustivas de 1 a 30 metros de altura, compuesta de una o varias especies de mangle y con poca presencia de especies herbáceas y enredaderas. Las especies de mangle que lo componen son de hoja perenne, algo suculenta y de borde entero. En México predominan cuatro especies de mangle que se pueden encontrar formando asociaciones vegetales o en bosques monoespecificos.
En el santuario que posee Puerto Morelos, el cuál es el principal ecosistema costero en el norte de Quintana Roo, existen tres variedades de mangle: rojo, blanco, y botoncillo, los cuales se encuentran bajo la categoría de amenazadas en la Norma Oficial Mexicana NOM-059 de la SEMARNAT (Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales).
Los manglares desempeñan una función primordial en la protección de las costas contra la erosión eólica y del oleaje, son un sistema fundamental para el equilibrio medioambiental por su extraordinaria riqueza e importante diversidad de ecosistemas acuáticos y terrestres.
Son motores generadores de vida, hábitat de los estadios juveniles de cientos de especies de peces, moluscos y crustáceos y de muchas especies de aves migratorias septentrionales y meridionales, que los visitan por temporadas.
Son de vital importancia pues sirven como filtros de sedimentos y nutrientes, manteniendo la calidad del agua del mar, cumpliendo así con un papel muy importante en la protección del mar y del arrecife, ya que capturan sedimentos de aguas superficiales antes de alcanzar el mar, y contaminantes de aguas subterráneas.
Con una altura promedio de entre 3 y 8 metros, sirven como nidales para distintas especies de aves endémicas y migratorias, y actúan como barreras naturales contra huracanes.
Aunque el crecimiento de la región ha acabado con gran parte del manglar de Puerto Morelos, todavía se pueden observar diversas especies de animales, reptiles, plantas y aves desde los miradores que se encuentran en el camino de acceso al pueblo. La versatilidad de los mangles les ha otorgado diseños caprichosos, una excelente perspectiva de este manglar puede obtenerse desde el sendero peatonal que comienza en el camino de entrada, hacia el centro de Puerto Morelos.
